اعتبارا من تاريخ الأول من يناير 2005، اعتمدت باكستان نظام حماية براءة الاختراع بالنسبة للمنتج بحد ذاته بالنسبة للمجالات الصيدلانية والزراعية، ومنذ اعتماد هذا النظام توقف العمل بنظام (الصندوق الأسود)، وقد تم العودة إلى النظام السابق بشأن الإيداع الموحد، ولا معلومات عن ميعاد دخول باكستان في اتفاقية التعاون بشأن البراءات.

حالما يتم إيداع طلب لتسجيل براءة الاختراع، يصار إلى فحصه فيما يتعلق بالشكليات وبقابلية التسجيل وفقا لأحكام قانون براءات الاختراع، بما في ذلك شرط الجدة والخطوة الإبتكارية والتطبيق الصناعي، وفي حال رفض الطلب، يمكن لمقدم الطلب التقدم بطعن إلى المحكمة العليا خلال 90 يوما اعتبارا من تاريخ تبلغه بالرفض.

يتم نشر الطلبات في الجريدة الرسمية ويمكن لأي شخص ذي مصلحة أن يتقدم بطعن إلى مراقب الاعتراضات خلال 120 يوما من تاريخ النشر في الجريدة الرسمية، وفي حال عدم ورود أي اعتراض، يصار إلى إصدار شهادة التسجيل.

يمكن حوالة الحق المترتب على البراءة وترخيصه، ولا يكون للحوالة حجية في مواجهة الغير ما لم يتم قيدها لدى مكتب براءات الاختراع ونشرها في الجريدة الرسمية.

استخدام الاختراع في باكستان متطلب رسمي، وفي حال عدم قيام مالك الاختراع بتلبية متطلب الاستخدام خلال 4 سنوات من تاريخ الإيداع أو 3 سنوات من تاريخ منح البراءة، أو في حال توقف استخدام الاختراع لسنتين متتاليتين أو في حال عدم تلبية الاستخدام للطلب في باكستان أو في حال رفض المالك لترخيص الاختراع بموجب شروط تعاقدية عادلة، فيخضع الاختراع للترخيص الإلزامي بموجب أحكام القانون، ولا يعتبر استيراد المنتجات المحمية بالبراءة استعمالا لهذه الغاية.

وعلى الرغم من أن القانون لم يتضمن أي أحكام تتعلق بالجدة خلافا لذكر كلمة "جديد"، يتطلب النظام التنفيذي من الإدارة فحص الاختراع من ناحية الجدة، أي التثبت من أن الاختراع غير وارد ضمن حال التقنية السابقة، وحال التقنية السابقة يعني كل ما أفصح عنه للعامة في أي مكان وفي أي وقت سواء بالشكل الشفهي أو المكتوب أو بالاستعمال أو بأي شكل آخر يتيح فهم الاختراع، وتحمى المعرفة الفنية ضد أي استخدام غير مشروع أو إخلال أو إفصاح بغير حق. وتتم المعاقبة على الإخلال بحقوق البراءة بموجب أحكام القانون.

بموجب أحكام قانون براءات الاختراع للعام 2000، فقد تم منح الأنواع الأربعة التالية من البراءات:
1- البراءة الاعتيادية والتي تسري اعتبارا من تاريخ إيداع طلب التسجيل.
2- البراءة المتعلقة بالمنتجات الكيماوية لغايات الاستعمال في المواد الزراعية والأدوية.
3- البراءات التي يتم الادعاء بشأنها بحق الأولوية والتي تسري اعتبارا من تاريخ إيداع طلب البراءة لأول مرة في الدولة العضو في منظمة التجارة العالمية.
4- براءة الإضافة، والتي تهدف إلى تعديل أو تحسين الاختراع المودع أو الذي منحت بشأنه البراءة.

تكون مدة البراءة 20 سنة ويجب دفع الرسوم السنوية اعتبارا من السنة الخامسة من المدة ويتم دفعها مقدما في بداية السنة الرابعة.

يمكن حوالة الحق بالبراءة ولا يكون للحوالة حجية في مواجهة الغير إلا بعد قيدها لدى مكتب براءات الاختراع ونشرها في الجريدة الرسمية.